论文中的研究方法一节，描述了您是如何进行研究的，这类信息让读者得以评判您研究的价值。为了帮助读者迅速找到他们想要的信息，研究方法一节需要有清楚的结构且包含相关细节。以下将说明如何书写，已达到此目的。
研究方法一节应该包含下列内容：
- 研究设计
- 研究的目标物（动物模型、人类受试者、细胞等）
- 使用的设备材料（附上制造商信息）
- 测量的变量
- 数据收集方法
- 数据分析方法
如果将这些信息分小节编排，再加上相应的副标题，更能协助读者找到想要的信息。例如，从研究设计小结开始，再对实验方法涉及的相关内容做描述，最后以数据分析方式小结做结尾。
检视目标期刊的作者指南，获取架构研究方法一节的明确说明。有些期刊要求作者遵守报告指南（Reporting guidelines），这类指南对不同的研究类型，有详细的要求，确保作者将所有相关信息都纳入章节。
现在，我们来仔细看看各小节应该包含的内容。
研究设计
首先，简短描述您的研究设计。对临床试验来说，叙述试验的类型，如平行、交叉、因素分析和假设设定，点明您的目的是进行优越性、不劣性或等效性等分析。如果研究是有关试验新药，则点明试验的阶段，如第一期至第四期。以动物研究来说，描述相互比较的族群，如野生型小鼠相较于基因修正小鼠。如果研究中未纳入对照组，则要解释原因，例如比较口服药物和注射药物时，可能不需要对照组。另外，强化研究完整性，如描述实验中使用的各组别，这样才能让读者知道，您并不是要排除预期外的结果而刻意回避某些组别。
读者会想要判断您的结果是否存在偏见的影响，因此，描述您分组受试对象的方式，这将有助于读者判断，您是否在研究组别分配中保持中立，以及以此为基础的实验的结果是否有效力。
研究对象
动物
动物试验中，尽可能提供物种名、品系、性别、重量、动物年龄。记录您每次变量测量的时间点，并描述变量在研究过程中的变化。对大多物种来说，以周数计算年龄比发展阶段来得具体与数据化。例如，小鼠在约五周时达到性成熟，约六个月时开始呈现衰老现象，如此描述比说成年鼠更有直观的印象。
人类受试者
以人类受试者进行试验时，要清楚描述收案标准，让读者知道您的论文结果限定于哪类人群。详述如何招募受试者、是否获得受试者的知情同意书等。
伦理核可
包含动物和人类受试者的研究通常需要伦理核可。给出批准您的论文伦理核可的机构，提供核可编码。
样本数
告诉读者计算样本大小的方法，并描述以此为基础计算出的主要结果。动物研究中，这一数据能提供判断您没有使用多于必要数量的动物，也能帮助读者评估您的结果效力。
研究设定
告诉您的读者数据是从何处收集得来的。在临床试验中，描述受试者在什么情境下接受试验：诊所的类型、特定地点、机构名称。这些细节将有助于读者决定您的发现是否也能应用于他们的临床场域。在动物研究中，描述实验执行的地点，如实验室、开放空间、饲养笼内等。
介入或实验程序
在临床试验中，要描述各组别研究的介入措施，包括对照介入。让读者可能依据您的临床设定，复刻出相同的试验。例如，如果将药物施予受试者，要提供读者药名和剂量，以及告知药物施予的方式。提供试验执行的准确日期，明确给出所研究的疾病或症状，以及如何定义该疾病或疾状的方法。
在使用动物模型的研究中，解释如何发展模型的方法（如药物治疗、手术过程、病原感染）、测量结果的方法（行为测试或测量动物的生物参数）、相关实验后程序（如安乐死和组织收集）。另外，详述动物照顾和处理的过程，因为这些信息皆会影响结果。
将研究中使用的器材的细节完整呈现出来，其中包括制造商的详细信息。如果可能的话，提供研究资源标识符（RRID），这样的编码比目录码有帮助，因为单一产品都有不变的特定编码。您在研究中提供的目录码的效力建议不要超过三年，否则读者将无法找到该产品。造访RRID的网站，可获取常见器材的RRID完整列表。
成果测量变量
成果测量变量是测量特定介入效果的变量。研究通常有许多成果测量变量，分为主要和次要成果。主要成果是最重要的，用于计算样本数。次要成果较没这么重要，但仍与评估介入的影响有关，有参考价值。清楚定义您的主要和次要成果，提供您评估这些成果的方法和时间。您应该提供足够的信息，让读者能研究在其临床和实验设定下的成果。
确切告诉读者您测量了什么。例如，在空间学习的研究中，成果测量变量可能是在Morris水迷宫中，小鼠寻找水面下平台的能力。您测量了小鼠要花多少时间才能找到水下的平台吗？小鼠要移动多长的距离才能找到平台？诸如此类。
统计分析
描述您在各实验中使用的统计方法，包含设定成果测量变量、独立变量，以及您使用了哪些测试。解释如何处理缺失的数据，您又是如何调整多重比较的，再介绍您用于分析的软件是什么。
莫忘细节
研究方法一节的目的是让读者足以复制您的实验和介入的信息。不要为了符合期刊的字数限制，省去重要的细节，或是可以引导读者去阅读有更完整描述该方法的文献。引用的文献最好能简单取得，常见的错误是介绍了一篇文献，而该文献又要读者去读另一篇文献。
研究诚信
研究方法是论文中重要的一节，它让读者得以复制实验的方法和验证论文的发现。这对学术研究的透明性和诚信至关重要。遵从本文所列出的各要点及各式报告指南的要求，将有助您清楚撰写研究方法一节，进而提升您的论文质量。
